1、小房間單獨設置風機盤管：
（1）應確保新風直接取自室外，禁止從機房、樓道和天棚吊頂內取風；
（2）保證排風系統正常運行，以及房間經常開窗通風換氣；　　
（3）沒有新風系統，又不能開窗通風換氣的房間，應停止使用；　　
（4）新風系統宜全天運行；
（5）確保風機盤管凝結水水盤的清潔。
2、大房間設置多臺風機盤管：　
（1）確保新風直接取自室外，禁止從機房、樓道和天棚吊頂內取風，并且新風應直接送入室內各部位；　　
（2）由于房間大、進深大，應采取措施，保證內區部位的通風換氣。
風機盤管的許多生產廠家為了滿足室內空氣清潔度的要求，還對風機盤管機組增加了空氣清潔、過濾和殺菌功能。例如：機組回風箱可以雙重過濾空氣塵埃，而且還能吸附分解空氣中的有毒物質（如致癌的甲醛等），達到*除塵、除臭、殺菌，創造室內清新空氣的目的。風機盤管的出口處安裝有負離子發生器的電極，可按需給室內不斷補充負氧離子，產生的負離子每秒鐘可殺滅數十萬株病毒、病菌和塵螨等，耗電量僅4W。
上述要求意味著將來設計風機盤管系統是必須考慮新風和回風的混合問題，而以往無論是空調系統的設計還是設備制造，對其考慮和關注的程度都是不夠的。例如：在現有的新風機組處理能力的先決條件下，僅僅關心冷量滿足要求，而沒有關心目前的風機盤管機組的結構是否能既滿足冷量的要求，又滿足風量和除濕量的要求，能夠勝任將回風處理到所要求的狀態點。